lien vers PubMed – 15461426

j. Mol. Evolve. 2004 giugno; 58 (6): 692-700

cpg carenza di rucleotide cpg è stato trovato in virus, mitocondri, procarioti e eucarioti. La spiegazione consensuale è che è dovuta a deamination di citosine metilate, come stabilito per vertebrato e piante. Tuttavia, non sappiamo ancora se la metilazione della citosina C5 è anche la principale causa della carenza di cpg nei batteri. Combinando l’annotazione e i dati sperimentali che identificano la presenza di C5 citosina metiltransferasi con analisi della relativa abbondanza relativa di CPG in 67 specie batteriche, abbiamo scoperto che la relativa abbondanza di cpg nella maggior parte dei genomi batteri che ha citosina c5 metiltransferasi tende ad essere nel range normale (osservato / previsto valori compresi tra 0,82 e 1,21). Al contrario, molte specie batteriche che potrebbero essere prive di metilazione della citosina C5 hanno mostrato carenza di cpg. Inoltre, quando si confrontano i genomi con l’altro, le abbondanze relative TPG e CPA sono risultate indipendenti dall’abbondanza relativa a CPG. Questo è stato in contrasto con analisi intraangenome, in cui la relativa abbondanza relativa C3PG1 (i sottoscrittori si riferiscono alla posizione di un nucleotide in un codone) è stato generalmente correlato positivamente con abbondanza relativa T3PG1 se tracciata contro il contenuto di GC nelle sequenze di codifica delle proteine (CDS). Ciò suggerisce l’esistenza di meccanismi alternativi che contribuiscono alla carenza di cpg in batteri.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15461426

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